Farklı kaynak tuzlalarındaki prokaryotik çeşitliliğin belirlenmesi

Abstract

Bu çalışmada kültür-bağımlı ve moleküler teknikler kullanılarak Türkiye’deki 7 farklı kaynak tuzlasının prokaryotik çeşitliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Nisan 2011- Haziran 2012 tarihleri arasında seçilen tuzlaların hem kaynak hem de havuz kısımlarından iki kez örnekleme yapılmıştır. Kültür-bağımlı çalışmalarda farklı besiyerleri kullanılıp gelişen kolonilerden 397 tane izolat seçilerek 16S rRNA geni amplifiye edilmiş, restriksiyon rDNA analizi (ARDRA) metodu ile analiz edilip 44 farklı profil belirlenmiştir. Profilleri belirlenen 44 izolattan 28 tanesi seçilerek bu izolatların 16S rRNA geninin dizi analizleri gerçekleştirilmiştir ve bunların Archaea domaininden Haloarcula, Haloferax, Halorubrum ve Halobacterium; Bacteria domaininden Halomonas, Salinibacter, Rhodovibrio, Salinivibrio, Salicola, Idiomarina, Marinobacter, Chromohalobacter genusuna ait oldukları belirlenmiştir. Floresan in situ hibridizasyonu (FISH) yönteminde evrensel problar ve DAPI boyası kullanılarak kaynak örneklerinde mikrooganizma yoğunluğunun düşük; havuz örneklerinde ise oldukça yoğun ve kare şekilli Archaea örneklerinin birçok tuzlada baskın olduğu gözlenmiştir. DGGE yöntemi ile Archaea jelinin analiz sonucu Halorubrum sp., Haloquadratum walsbyi ve Halonotius pteroides’in varlığı ortaya konmuştur.