Van Gölü prokaryotik çeşitliliğinin araştırılması

Abstract

Bu çalışmada, Van Gölü’nün prokaryotik çeşitliliği araştırılmıştır. Van Gölü’nden Merkez, Tatvan, Ahlat ve Edremit kıyılarından örnekler alınmıştır. İzolasyon %2, %3, %5, %10 ve %12 MGM, Alkalin Nutrient Agar, Horikoshi I ve II besiyerleri, Nişasta Kazein Agar, Aktinomiset İzolasyon Agar ve Gliserol Yeast Extract Agar besiyerlerinde gerçekleştirilmiştir. Besi ortamlarından elde edilen saf kolonilerden 16S rRNA genine spesifik PCR yapılmış ve 16S PCR ürünlerine amplifiye ribozomal DNA restriksiyon analizi (ARDRA) uygulanmıştır PCR ürünlerinin saflaştırılması ile nükleotid dizisi belirlenmiştir. Farklı örnekleme bölgelerine ait toplam 124 izolattan 40 farklı strain dizilenmiştir. 16S rRNA gen dizileri NCBI’da BLAST programı kullanılarak referans diziler ile karşılaştırılmıştır. BLAST sonuçlarına göre, Van Gölü’nden baskın olarak Bacteria domainine ait Halomonas, Alkalimonas, Marinobacter, Vibrio, Rhodococcus belirlenmiştir. Kültür bağımsız yöntemlerden denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ve Floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemleri de populasyon dinamiklerini çalışmak için uygulanmıştır. DGGE yönteminden elde edilen dizi analiz sonuçlarına göre Bacteria domainine ait Citrobacter sp. belirlenmiştir. Floresan in situ hibridizasyon (FISH) uygulanmıştır. FISH sonuçları ile örneklerde Bacteria üyesi mikroorganizmaların dominant olarak belirlenmiştir ve bazı örneklerde sadece bakteriyel floresan ışıma alınmıştır. Van Gölü’nün prokaryotik çeşitliliği karakterize edilmiştir ve bazı strainlerin varlığı Türkiye’de ilk kez gösterilmiştir. Ayrıca alkalifillerle ilgili kapsamlı bir çalışma ülkemizde ilk kez gerçekleştirilmiştir.