Türkiye'de geliştirilen bazı çeltik çeşitlerinde peroksidaz gen polimorfizminin belirlenmesi

Abstract

Çeltik (Oryza sativa L.) en önemli besin kaynaklarından biridir. Bu çalışmada, 46'sı Türkiye'de geliştirilmiş 50 pirinç çeşidi arasındaki genetik çeşitliliğin POGP (Peroksidaz gen polimorfizm) işaretleyicileri kullanarak belirlenmesi amaçlanmıştır. PCR reaksiyonlarında on üç farklı peroksidaz gen primer (POX) kombinasyonu kullanılmıştır. İstatistiksel analizler POPGENE, FİGTREE ve NTSYS, STRUCTURE yazılımları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Primerler, 146'sı polimorfik (% 91,25) olan toplam 160 net ve tekrarlanabilir (150 ila 2500 bp arasında değişen) bant üretmiştir. UPGMA dendrogramı ve PCoA analizine göre 50 pirinç çeşidi 2 ana küme halinde gruplanmıştır. Genetik benzerliği en yüksek çeşitler Trakya ve Durağan (0,869) olurken en düşük genetik benzerliğin ise Aromatik I ile Küplü (0,631) çeşitleri arasında olduğu tespit edilmiştir. STRUCTURE analizi, 50 çeltik çeşidini üç gen havuzunu temsil eden farklılaşmış üç gruba ayırmıştır. POGP belirteçlerinin ayırımcı gücü, polimorfik bilgi içeriği (PIC) ve ayırma gücü (Rp) hesaplanarak değerlendirilmiştir. Ortalama PIC değerinin 0,661 olup sıfırdan (POX14F / POX14R) 0,877'ye (POX4F / POX4R) kadar değiştiği ve primerlerin ayırma gücünün ise 0 ile 8,585 arasında değiştiği (POX11F / POX11R) bulunmuştur. Bu çalışma Türkiye'de geliştirilen çeltik çeşitlerinde, genetik çeşitliliğin belirlenmesinde peroksidaz gen polimorfizmini kullanan ilk çalışma olmasıyla birlikte elde edilen veriler ülkemizdeki pirinç ıslahı programları için önemli bilgiler sağlayacaktır.